James Heller是一名普通的特种士兵，他原本拥有一个幸福的家庭，然而这一切都在纽约市的病毒传播事件中被毁灭殆尽。几乎失去了一切的James。在一次小队行动中遇到了前代主角Alex mercer，小队的成员几乎全灭，Alex在唯一幸存的James身上注入了跟自己体内一模一样的病毒，使得James具有了与Alex不相上下的超能力。 游戏界面 [6] 当James再度醒来时，他发现自己已经变成了军方的重要试验品，上级想把他作为样品以研究Alex的超能力，困惑不解的James击败了军方放出的变异体并逃出了实验室。在路上他再次遇到了Alex，Alex告诉他迄今为止的所有事件全都是一支名为黑色守望的军事组织在从中作梗，Alex希望James能帮助自己一起对抗他们。然而James对Alex半信半疑，随后，自己的情报人古拉神父也证实了Alex的话，James开始利用自己的超能力一步步调查黑色守望和整个事件的真相。 随着调查的不断深入，James发现Alex的嫌疑越来越大，在吸收了一个名为科尼博士的变异体之后，James终于确定Alex才是病毒事件的真凶，Alex的真正目的，是创造和自己一样的变异人类，把他们训练为自己统治整座城市的得力部下！得知自己差点上当受骗的James怒不可遏，发誓要摧毁Alex的阴谋。 然而此时的Alex也发现了James的态度转变，并抢先一步杀害了James的重要同伴古拉神父，正当James悲痛不已的时候，他突然接到了一个陌生女子的电话，这个女人正是Alex的妹妹Dana，Dana愿意帮助James提供情报，她告诉James其实他的女儿并没有死，而是落到了黑色守望的手里，具体藏匿的地点和下落需要James自己去调查。为了自己的女儿，James重新振作了起来。 由于事态的不断恶化，黑色守望决定摧毁整个纽约市以制止病毒的继续蔓延。一想到自己的女儿仍然被rBxkQBBeHO关在这个城市的某一个角落，James竭尽全力阻止了军方企图摧毁纽约的计划，保证了整个城市和自己女儿的安全。 为了救出女儿，James化身为一位名为莱利的中尉，从黑色守望的重要指挥官鲁克斯那里获取到了各种关于女儿的情报，就在James认为鲁克斯已经构成阻碍打算把他灭口的时候，在一次无意中听到的谈话中，James发现鲁克斯跟自己一样是一位有妻有女的父亲，心软的James因此放了鲁克斯一马。然而自己的伪装也被鲁克斯识破，鲁克斯虽然对James的所作所为十分恼怒，一番挣扎后，还是决定将James的女儿偷偷地交还给他。然而就在这时Alex的部下突然闯进来将James的女儿再次劫走，Alex以此为要挟，约James在一处摩天大楼的天台上见面。 在天台上，James见到了几近疯狂的Alex，Alex吸收了自己所有的部下，使自己的身体达到了极限状态，而James毫无惧色，一次又一次击退了Alex的攻击，最终，James斩断了Alex的双臂，并将他完全吸收。继承了Alex所有记忆的James释放出了惊人的力量，他的体内爆发出了无数触须，细长的触须在大街小巷四处延伸，几乎摧毁了城市里所有的变异体。 在游戏结尾，James将女儿拜托给Dana照顾，自己则准备独自离开，他不想让女儿看到近乎怪物的自己。然而在James临走时，女儿从背后一把抱住了他。最终，James牵着女儿的手，和Dana一起眺望远方的朝阳，Dana问他以后该怎么做，James没有回答她，毫无疑问，自己和女儿，今后还有很长一段路要走。

一些都是陷阱。
她在等ALEX，军队根本不是Elizabeth Greene（后文称之为母体）的对手，只是她让自己进入休眠状态了，为了不让军队干扰她，他只杀掉了内部的士搜趣网兵，你想想如果以她的力量杀掉了外面的守军那么感染不就扩散了，ALEX就不会来了。
母体见到了ALEX，她才苏醒过来并释放了猎手，扩散了感染，虽然ALEX也尽力阻止感染，但他其实中了母体的计，在不知情的情况下其实也帮助了母体吸引军队的注意和火力并并扩散了感染，这才给母体赢得时间建立地底的巢穴控制城市。
母体早就想控制城市不过苦于军队实力强大，才要等ALEX的“协助”
其实也就是ALEX作为一个中立者，当了Elizabeth Greene的挡箭牌，而且只有靠ALEX的能力才能轻易将感染带到守卫森严的蓝区，实际上ALEX从头到尾都被利用了。
采~~纳~~采~~~纳~~~~~嘿嘿~~

其实ALEX自己就是生化危机的始作俑者，不过此ALEX非彼ALEX，真正的ALEX游戏还没开始就死了，我们在游戏看到的ALEX其实就是一个大号病毒，真ALEX打破了装病毒的试管，结果死了，他的身体就被病毒接管了，游戏中ALEX从停尸房醒来，其实那才是他出生的时间，整个游戏过程就是他一直在试图恢复记忆了解真相，但真相是蛋疼的，ALEX其实就是一个有智力的病毒。他杀的对象都是那个公司的人或者军人、佣兵，有些还是真ALEX的熟人，最后他的女朋友背叛了他，就是因为知道他不是真正的ALEX。但他最后还是选择阻止发射核弹，也不知道他心里怎么想的。

游戏的主角Alex Mercer（艾力克斯 墨瑟）因被自己带出来的病毒感染，从停尸间醒来之后发现完全不知道之前做了些什么，然而突变的同时也获得了超乎常人的强大能力。当主角杀死路人或敌人时便可以吸收他们的记忆、能力，甚至能变成他们的样子。随着吸收被杀死敌人以及路人的数量不断增加，主人公Mercer的能力也会随之逐渐增强。最终将能够学会诸如将自己的身体变化成武器攻击或是硬化身体表面皮肤以抵御敌人进攻等神奇的能力。 　　主线任务 　　 《虐杀原形》场景(20张)　病毒扩散首日。有人在纽约的Penn Station释放DX—1118病毒。主角亚历克斯默瑟（Alex Mercer）的尸体在解剖台上苏醒，对所发生的事情没有任何记忆。吞噬Blackwatch追兵后得知吞噬生物能夺取其记忆，亚历克斯默瑟记起自己有个妹妹，达娜默瑟（Dana Mercer），并找到她。[3]亚历克斯默瑟试图回自宅寻找线索，向事件的原凶进行复仇，却正中黑色守望军事组织（Blackwatch）的埋伏。逃离后回到妹妹达娜的住处，达娜告诉亚历克斯，她从亚历克斯的电脑中找到伊丽莎白格林（Elizabeth Greene）一个这个名字。亚历克斯进入Gentek（一公司名，实为病毒武器研究公司）设施后遇见外表为19岁女孩的伊丽莎白格林，与伊丽莎白格林的对话中她自称是亚历克斯的母亲，这令亚历克斯百思不得其解，也从中了解到伊丽莎白格林也与他一样为有特异能力的病毒集合体，却不料让其脱逃，造成曼哈顿区第二波病毒感染。 　　亚历克斯寻求前女友暨Gentek员工，克伦帕克（Karen Parker）的协助。从克伦帕克处了解到感染源来自两支不同的病毒株。这时核能航母USS Reagan抵达哈德逊湾（Hudson Bay），黑色守望组织提高了动员层级。黑色守望组织在市区内大规模部署病毒侦测装置。而Gentek主席雷蒙德麦克穆兰（Raymond McMullen）向黑色守望组织提供可消灭亚历克斯默瑟体内病毒的病原体。 亚历克斯默瑟扰乱病毒侦测装置，意图接近麦克穆兰，结局以失败收场。此时克伦帕克发现了此亚历克斯其实并不是真正的亚历克斯而是生化病毒武器－原形体（Prototype），克伦帕克因此背叛了亚历克斯默瑟。亚历克斯中了陷阱，亚历克斯默瑟被黑色守望组织的队长罗伯特荷斯（Robert Cross）注入病原体，丧失部分能力，并逃走了。病原体开始寄生并侵蚀亚历克斯。亚历克斯前往圣保罗医院，找上同为前Gentek员工的拉格伦（Ragland）医生，请求他的协助。亚历克斯与拉格伦医生渗透进军事基地，调查Penn Station病毒感染者的遗体。 利用Hunter（一种变异怪物）作为培养体，拉格伦医生成功制造出对抗病原体的抗体。亚历克斯恢复原先的能力。 但达娜却被不明Hunter绑走。曼哈顿感染程度持续上升。 　　亚历克斯为寻找妹妹，制服并吞噬Hunter头目（Leader Hunter），进一步找出绑架达娜的变种hunter，将其吞吃后获知达娜的所在。 亚历克斯利用军方的火力，进入核心巢穴并寻找达娜。 核心巢穴的中心，是黑光计划病毒（Blacklight）的核心带原者伊丽莎白格林。亚历克斯将抗体注入伊丽莎白，却被伊丽莎白排出体外，并形成Hunter之王（Supreme Hunter），而亚历克斯并不知道。亚历克斯成功救出达娜，但她陷入昏迷。亚历克斯把达娜交给拉格伦医生保护。这时一名身分不明的神秘人向亚历克斯透露黑光计划病毒的起源与释放病毒的人其实是他搜趣网，并告诉他伊丽莎白未死。同时，军方从空中散布病毒抗体Bloodtox，并引入使用病毒技术制作而成的超级士兵。军方进一步在地面部属Bloodtox散布装置。出于自保，亚历克斯企图颠覆Bloodtox的散布行动。而这时亚历克斯从神秘人处得知军方打算利用特殊泵将Bloodtox打至地底，消灭躲藏的感染体。神秘人要求亚历克斯伪装成士兵进行护送利用这东西引出伊丽莎白。特殊泵就位，并开始工作，大量的Hunter与Hydra感染体从地底涌出。躲藏在地底下的伊丽莎白格林被逼现身，被亚历克斯击杀并吞噬。 　　伊丽莎白格林已被消灭，亚历克斯再次企图摧毁Bloodtox的生产设施，佯装失手后与Gentek主席雷蒙德麦克穆兰对质。麦克穆兰为了不让亚历克斯夺取记忆，举枪自尽。亚历克斯的匿名连络人身分揭晓，他是黑色守望组织的队长－罗伯特荷斯。军方开始撤离纽约市，并打算在市区引爆核弹以消灭病毒。亚历克斯开始追踪地面部队的领袖。 亚历克斯将抗命逃亡的士官伊www.souquanme.com恩塔格特（Ian Taggart）吞噬掉。亚历克斯变化为塔格特的外观，与罗伯特荷斯两人成功登上哈德逊港外的USS Reagan航母。亚历克斯吸收了主导者彼得兰德尔（Peter Randall）将军。由于军队领袖与感染核心伊丽莎白格林都被消灭，扮成罗伯特荷斯的Hunter之王现出真面目，企图吞噬亚历克斯，成为唯一的最高级病毒集合体。消灭Hunter之王后，亚历克斯将引爆倒数中的核弹用直升机载离纽约，沉入水底。核爆的威力将他炸飞，尸身的碎肉落在曼哈顿岛上，这时一只鸟类动物想吃掉这碎肉，却不料被附身并吞噬，亚历克斯二度复活，到这游戏完结。