明清之际，正是西方殖民主义相继向东方扩张的时代。清朝从一开始就遭到沙俄等外敌的人侵。在与侵略势力的斗争中，清王朝萌生了近代关于国家主权和领土完整的思想。
康熙二十三年，康熙帝在谈论解决中俄两国争端时，明确指出：“向者，鄂罗斯无故侵扰我边陲，后复渐人，越我疆界，索伦、赫哲、费雅喀、奇勒尔等处之人，皆被扰害，不获宁居。”他指示清政府派人与沙俄交涉，要求侵占我雅克萨的侵略者“当即返雅库（今俄罗斯雅库茨克）地方，以雅库为//www.souquanme.com界，于彼处捕取貂皮，于波土收其物产，勿人我边界，恣意妄行”（《朔方备乘》卷首一）。由于沙俄侵略者无视清政府的严正立场，继续霸占中国的领土，康熙帝在继续争取和平解决两国争端的同时，也主张以武力驱逐侵略者。二十四年三月，在给俄国沙皇的敕书中，康熙帝说：“向者，尔国居于尔界，未曾侵扰我界，边民咸宁。后尔罗刹入侵我境，骚扰地方，抢掠百姓妇孺，滋事不止……观尔罗刹并无停止侵扰之势，故兹出兵征讨雅克萨……倘尔怜悯边民，使之免遭涂炭流离之苦，不至兴起兵革之事，即当迅速撤回雅克萨之罗刹，以雅库等某地为界，于该处居住捕貂纳税，勿人我界滋事。若遵朕谕旨而行，即令我征讨大军停止前进，撤至边界地方。如此，则疆圈帖然，而无侵扰之患，贸易遣使，和睦相处。”
从上述谈话和敕书中可以看出康熙帝以下思想：第一，沙俄侵略者无故越界，侵扰我边疆，占领我领土，扰害我百姓，是一种侵略行径。第二，中国是一个主权国家，决不允许这种事情继续存在。为了保卫自己国家的领土完整不受侵犯，有权诉诸武力。第三，两个国家的边界必须区分清楚。第四，两国间正确的关系应该是各居疆土，互不侵犯，派遣使臣，贸易往来，和睦相处。
康熙帝在与沙俄侵略者的斗争中认识到边界对于维护国家主权和领土完整的重要意义。第二次雅克萨之战期间，尽管清军取得了胜利，康熙帝仍决定主动撤军，以与俄国进行边界谈判。康熙二十六年，康熙帝明确指出：“和睦相处，勘定边界，事关紧要。”
康熙二十七年，康熙帝召见赴尼布楚搜趣网（今俄罗斯涅尔琴斯克）参加中俄边界谈判的清政府使臣时，进一步深化了关于国家主权和领土完整的思想，提出了一个非常重要的原则，他说：“朕以为，尼布潮、雅克萨、黑龙江上下，及通此江之一河一溪，皆我属之地，不可少弃之于鄂罗斯。我之逃人根特木尔等三佐领，又续选一二人，悉应向彼索还。”这就是说，凡是在中国版图内的领上和人民。必须置于中央政府的管辖之下，寸土不可丧失，主权不容侵犯。他还强调，必须在平等的基础上签订和约，划定两国边界，“如俄罗斯遵谕而行，即归彼逃人，及我大兵所俘获招抚者，与之画定疆界，准其通使贸易。否则，尔等即还，不便更与彼议和矣”。
此后，清王朝关于国家主权和领土完整的思想一脉相承。雍正五年，负责与俄罗斯进行边界谈判的吏部侍郎图理琛与俄使臣会晤时，阐明了清王朝的原则立场：“我大国既不无理强取他国之寸土。亦决不无故轻让我寸土于人。”
乾隆帝登极伊始，就提出了“宽严相济”的施政方针。这一方针也贯穿于国防和外交政策中。他说：“抚驭外夷，务在宽严得中，相安无事，固不可示弱外夷，亦不可造端滋事。”具体到主权与领土问题上，就是要与邻国友好相处，但中国的事务绝不许外国插手、干涉，中国既不谋求别国的领土，也不允许别国侵占中国的领土。清政府统一新疆之后，哈萨克阿布赉汗要求清政府准许哈萨克人进入塔尔巴哈台（今塔城）、伊犁等地游牧，乾隆帝严词拒绝，敕谕哈萨克汗“加意约束所部，各守封疆”，“不应越境”；谕令伊犁将军，“有哈萨克越境游牧者即行驱逐”。他还针对哈萨克使者所奏“南界绰尔郭、西界沙喇伯勒、中抵勒布西”等地，“哈萨克俱有游牧”的情况，敕谕阿布赉汗，揭露哈萨克使者“隐约其辞，希图窥伺”的实质，强调指出，“凡此数处，皆厄鲁特故地”，“试思我国家以大兵平定之地，岂可任尔等侵踞”！乾隆二十五年，乾隆帝得知俄国单方面派兵到阿勒坦诺尔等地划分疆界，即明确指出，“若任伊等侵占疆界，亦殊不可”，并谕令阿桂派兵巡察边界，“（俄国）果有设立标记，即行拆毁；如有屯驻人等，即行驱逐”。二十八年，乾隆帝又得到俄国在准噶尔部旧游牧地造屋树栅的情报，他非常警惕，立即指示说：“准噶尔地方，此时均已内附，与俄罗斯无干。伊等岂可擅自造屋树栅？观此，足见俄罗斯渐有侵占准部地方之意”，并谕令成衮扎布、车凌乌巴什等派兵“将俄罗斯木栅屋宇尽行拆毁”。在与俄国就渥巴锡等率土尔扈特部回归一事的交涉中，乾隆帝主权意识表现得尤为强烈。俄国政府在给清王朝的照会中，诬称握巴锡等“俱系悖教匪人”，指责清政府“不当收留”，甚至声称如若收留，就是“不守和好”，就可能“兵戈不息，人无宁居”。乾隆帝认为，收留土尔扈特部属清政府的内部事务，外国无权干涉，因此他今理藩院行文驳斥俄国政府说：“士尔扈特渥巴锡人等，与尔别一部落，原非属人”对俄国政府的武力威胁，则针锋相对，毫不示弱，“或以兵戈，或守和好，我天朝惟视尔之自取而已”。乾隆五十八年，以马戛尔尼为首的英国使团向清政府提出了多项无理要求，其中提出希望将珠山（今舟山）附近的某个小岛划归英国商人居住，并作为收存货物之地。乾隆帝断然拒绝，指出：“天朝尺土俱归版籍，疆址森然。即岛屿、沙洲，亦必划界分疆，各有专属……此事尤不便准行。”从中可以看出，乾隆帝维护国家的主权和领土完整的原则立场。
清前期，统治者一方面具有强烈的主权意识抵制了西方资本主义的侵略，维护了国家领上的完整，与邻国友好相处：“另一方面又以天朝上国自居，闭关锁国，对西方世界茫然无知，逐渐落伍，对国防建设带来极大的负面影响。