5月8日，美国导弹击中中国驻南联盟大使馆。众多网友在水木清华站表达自己的愤慨，导致站点访问量激增，www方式于5月19日限时段访问。9月初，系统进行了重大改进：优化了系统；对pop3取信进行过滤；将系统人数上限设定在750人。 10月，曙光公司赞助服务器，服务器配置为：天演，2CPU，1G RAM，54G SCSI DISK。12月18日，启用域名 。[编辑]2000年：1月1日，新版www系统启用。
接管风波 　9月20日国务院了通过了《互联网信息服务管理办法》，10月8日中华人民共和国信息产业部颁布了《互联网电子公告服务管理规定》；随着这些法规的实施，清华大学决定加强对水木清华BBS的管理。校方为此向站务人员提出了如下管理要求：本校学生登陆帐号与网费管理帐号相同；外校学生登陆需该校提供该校学生的数据库后方可；校外人员需提供身份证复印件。站务表示无法接受这些要求。校方要求站务等管理人员，在一到两星期内，配合学校的措施，逐步退出BBS的管理，并且不要造成站内的恐慌。11月13日凌晨SYSOP宣布“从2000年11月13日0时0分起，本BBS的站务管理工作交由清华大学网络中心负责”。站名被修改为“清华大学BBS”。早晨5:26原站长zixia发出了告别信并且自杀了自己的ID，他在告别信中声称：“以前站方所做的承诺，包括保证用户个人隐私，用户个人数据安全，都已经无法继续保证下去。”大量的网友也跟着自杀了自己的ID。上午10:25所有用户收到站务组来信，称：“鉴于目前网络中心将继续本站的站务管理工作，原站务委员会认为已经完成了其使命，现在主动辞职以配合学校的统筹规划”。随后，除ace外，所有站搜趣网长的权限暂时消除。上午站长Dire启动新站恢复到9日水木清华站的镜象。一时间被称为“真水木”与“伪水木”。在THUNet等版面，网络中心的部分老师开始鼓吹施行实名制。晚上22时许，站长ace等与网络中心谈判归来后表示乐观。晚上23:36，BBS清华大学站（即当时的水木站名）发布公告《本站保持现有模式运行》，公告称：“本站将仍然执行严格的注册审查制度，并实行文责自负的原则，在这些管理办法下，本站仍然维持原有的管理模式与站务/版务人员”，并且表示“由于理解偏差，站务管理委员会在没有与网络中心充分沟通之前即发布了一些公告，是我们工作的失误，对广大网友造成了伤害。在此，谨代表站务管理委员会向大家表示歉意，并邀请各位网友继续回到水木清华，支持水木之家。” 11月15日网络中心开始限制对访问。随后不久就关闭了，中国的部分网络媒体报道了这次事件。
恢复平静 　随着接管事件的解决，站内很快恢复平静。站名也很快改回到“BBS水木清华站”。 2000年12月20日，增加校园网内接口。在水木清华站服务器上增设一个校园网内部接口，IP地址改为166.111.8.238，同时把以及的域名解析改为指向166.111.8.238。 1月3日开设“TamiaLiu/刘涛涛涛不绝”群体版面，其后不久刘涛就在清华大学与网友举行了见面会，见面会的DV一时间在中国各高校流传。2月16日施行《BBS水木清华站版面正版主负责制试行办法》。3月21日增加搜索功能。3月25日注册用户数首次突破250000。5月8日开始提供Blog服务；5月9日正式施行仲裁制度。6月5日网友的原创文集《水木的天空第一辑》正式出版。8月7日，正值亚洲杯决赛期间，Football版在线人数突破10000；8月11日第二十八届夏季奥运会开幕，奥运频道开通，同时为“Olympic/奥运会”版增设了的5个附属版面；11月23日晚同时在线人数首次突破20000人，达到 20127 人。12月20日，《爱情，请用 term 登录》（英文名：love120day@SMTH）首映，这是中国第一部以BBS为背景的校园DV。